将并行处理大规模生物信息的管道应用移植到云上

近期基因组学上的突破极大地降低了短读(short-read)“基因组序列”(确定了 DNA 分子中核苷酸碱基的顺序)的成本。因此,在很大程度上,完整的基因组重组任务已成为一项 IT 挑战,这些任务通常指 “二级分析”(有并行处理经验的人应该非常熟悉这些),在这项挑战中会面临的难题包括:转化 WAN 和 LAN 上的海量数据、在分布式环境中对管理它们、确保大规模并行处理管道的稳定性和控制处理成本。在本文的应用科学调查中,作者讲述了他们将基于高性能计算的商业基因重组应用程序移植到云环境中的经验;简要介绍了他们制定的关键基础架构决策,以及将这些决策从纯粹的 HPC 类型设计变成他们喜爱的大数据设计的历程。

via IBM developerWorks 中国 : 文档库 http://www.ibm.com/developerworks/cn/cloud/library/cl-portbioinformaticstocloud/index.html?ca=drs-

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